Pago de incapacidad en Colombia: quién paga cada día, cuánto y hasta cuándo

Por Aurora Cárdenas, médica especialista en Gerencia de Seguridad y Salud en el Trabajo

En resumen

• Incapacidad de origen común: los días 1–2 paga el empleador; del 3 al 180, la EPS; del 181 al 540, el fondo de pensiones (con concepto favorable de rehabilitación); desde el 541, la EPS.
• Cuánto: 66,67% del salario los primeros 90 días y 50% desde el día 91, pero nunca menos de un salario mínimo: si ganas el mínimo, recibes el mínimo completo.
• Incapacidad de origen laboral: la ARL paga el 100% desde el día siguiente al accidente o al inicio de la incapacidad.
• Importante: estar incapacitado no es justa causa de despido ni una ausencia injustificada, siempre que entregues tu certificado a tiempo.

Cuando un médico te incapacita, la primera pregunta casi nunca es médica: es «¿y quién me paga mientras tanto?». La respuesta corta es que depende del día de incapacidad y de su origen: enfermedad o accidente común, o accidente o enfermedad laboral.

Esta guía te explica, tramo por tramo, quién paga, cuánto recibes y qué pasa cuando la incapacidad se prolonga. Cita las normas vigentes al final. Es información general: tu caso puede tener particularidades.

¿Quién paga la incapacidad en Colombia?

En una incapacidad de origen común (enfermedad general o accidente que no es de trabajo), el responsable del pago cambia según los días acumulados:

Días de incapacidad Quién paga Base legal 1 y 2 Empleador Decreto 780 de 2016, art. 3.2.1.10 3 a 180 EPS Ley 100 de 1993, art. 41 (modificado por el Decreto-Ley 019 de 2012, art. 142) 181 a 540 Fondo de pensiones, si hay concepto favorable de rehabilitación Ley 100 de 1993, art. 41; Decreto-Ley 019 de 2012, art. 142 541 en adelante EPS Ley 1753 de 2015, art. 67; Decreto 1333 de 2018

En la práctica, muchas empresas adelantan el pago al trabajador y luego solicitan el recobro a la EPS. Por eso es importante que el certificado de incapacidad llegue completo y a tiempo.

¿Cuánto te pagan durante una incapacidad?

Por una incapacidad de origen común recibes el 66,67% (dos terceras partes) de tu salario durante los primeros 90 días y el 50% desde el día 91. El pago nunca puede ser inferior a un salario mínimo mensual legal vigente (Código Sustantivo del Trabajo, art. 227; Corte Constitucional, sentencia C-543 de 2007).

Si ganas un salario mínimo, recibes el salario mínimo completo durante la incapacidad. Los porcentajes de 66,67% y 50% no pueden dejarte por debajo de esa cifra. Lo mismo ocurre si ganas un poco más que el mínimo: el pago se completa hasta llegar al mínimo.

Ejemplo con un salario de $3.000.000:

Periodo Porcentaje Valor aproximado al mes Días 1 a 90 66,67% $2.000.000 Desde el día 91 50% $1.500.000

El valor exacto depende de tu base de cotización. Algunas empresas pagan el 100% por política interna o acuerdo voluntario: si la tuya lo hace, está dando más de lo que exige la ley.

¿Te pueden descontar la incapacidad del sueldo?

No es un descuento por faltar. Durante la incapacidad no recibes salario: recibes un subsidio económico que paga la entidad que corresponde (empleador, EPS, fondo de pensiones o ARL). Por eso tu ingreso baja frente a tu sueldo habitual, pero no se trata de una sanción.

Distinto es no entregar el certificado: sin el soporte, la ausencia puede tratarse como injustificada. Entrégalo a tu empleador en los plazos que maneje tu empresa.

¿Qué incapacidades se pagan al 100%?

Las de origen laboral: accidente de trabajo o enfermedad laboral. La ARL paga el 100% del salario base de cotización desde el día siguiente al accidente (o al inicio de la incapacidad, en enfermedad laboral), hasta 180 días, prorrogables por otros 180 si el tratamiento o la rehabilitación lo requieren (Ley 776 de 2002, art. 3).

Una incapacidad de origen común solo se paga al 100% si tu empresa decide completar el valor. Si dudas de que el origen asignado a tu caso sea el correcto, es una situación en la que conviene revisarlo con un médico laboral.

¿Hasta cuándo se paga una incapacidad?

En origen común no hay un único tope: el pago continúa, pero cambia quién lo asume (tabla anterior). Para que el fondo de pensiones pague entre el día 181 y el 540 hace falta el concepto de rehabilitación que emite la EPS.

¿Qué pasa cuando se cumplen 180 días de incapacidad?

No termina el pago ni el contrato: cambia el proceso.

• Antes del día 120, la EPS debe emitir el concepto de rehabilitación.
• Antes del día 150, la EPS debe enviarlo al fondo de pensiones.
• Si el concepto es favorable, el fondo paga del día 181 al 540.
• Si la EPS no emite el concepto, sigue pagando después del día 180 hasta que lo emita.
• Cuando corresponde, se pasa a la calificación de pérdida de capacidad laboral, que define si hay derecho a pensión de invalidez (50% o más) o, en origen laboral, a una indemnización (entre 5% y 49,99%).

El resultado depende de cada caso y nadie puede asegurártelo de antemano.

¿Pueden despedirte estando incapacitado?

Estar incapacitado no es una justa causa de despido. Si tu condición de salud afecta de forma significativa tu trabajo, puede aplicar la estabilidad laboral reforzada (Ley 361 de 1997, art. 26): para terminar tu contrato, el empleador necesita autorización previa del Ministerio del Trabajo. Si despide sin ella, puede deber una indemnización equivalente a 180 días de salario, y la jurisprudencia de la Corte Constitucional ha señalado que también puede ordenarse el reintegro.

Según un concepto del Ministerio del Trabajo (6212 de 2024, no vinculante), esta protección no exige una calificación formal previa. Cada caso depende de sus hechos: consulta antes de firmar cualquier terminación.

¿Qué hacer, paso a paso, si te incapacitan?

1. Entrega el certificado de incapacidad a tu empleador en cuanto lo recibas.
2. Guarda copia y confirma que quedó radicado ante la EPS.
3. Pregunta si tu empresa adelanta el pago o si debes tramitarlo directamente con la EPS.
4. Anota las fechas clave: día 90 (baja el porcentaje), días 120 y 150 (concepto de rehabilitación) y día 180 (cambia quién paga).
5. Si la incapacidad se prolonga, pide por escrito el estado del concepto de rehabilitación.

¿Cuándo conviene un acompañamiento médico-laboral?

Cuando la incapacidad se prolonga, cuando no está claro el origen, cuando llega un concepto de rehabilitación que no esperabas o cuando temes por tu empleo. En Nexo Salud Integral, la médica Aurora Cárdenas evalúa tu caso con criterio médico: en una primera asesoría de 30 minutos revisamos tu situación y te explicamos qué sigue.

«Lo que más vi dentro del sistema de salud fueron procesos lentos, decisiones tomadas sin criterio médico y casi nadie que le explicara el camino a la persona. Esa fue mi oportunidad y mi propósito: por eso nació Nexo Salud Integral, para acompañar, orientar y asesorar a las personas, y que vivan estos procesos con claridad y tranquilidad». — Aurora Cárdenas

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¿Tu incapacidad se acerca a los 180 días o ya los superó? Profundizamos en el tema en ¿Qué pasa después de 180 días de incapacidad en Colombia?. ¿Eres empresa? Conoce nuestros servicios para empresas.

Preguntas frecuentes

¿Cuántos días de incapacidad paga la empresa?

En una incapacidad de origen común, el empleador paga los dos primeros días. Desde el día 3 el pago lo asume la EPS. En las incapacidades de origen laboral, la ARL paga desde el día siguiente al accidente.

¿Cuánto se paga por una incapacidad por enfermedad general?

El 66,67% del salario durante los primeros 90 días y el 50% desde el día 91, pero nunca menos de un salario mínimo mensual legal vigente: si ganas el mínimo, recibes el mínimo completo. Algunas empresas completan el 100% de forma voluntaria.

¿Qué incapacidades se pagan al 100%?

Las de origen laboral (accidente de trabajo o enfermedad laboral): la ARL paga el 100% desde el día siguiente al accidente. En las de origen común solo se paga el 100% si la empresa decide completar el valor.

¿Te pueden despedir por estar incapacitado?

La incapacidad no es justa causa de despido. Si tu condición afecta de forma significativa tu trabajo, el empleador necesita autorización previa del Ministerio del Trabajo; sin ella puede deber una indemnización de 180 días de salario.

¿Qué pasa si mi incapacidad pasa de 180 días?

No se acaba el pago ni el contrato. Si la EPS emitió concepto favorable de rehabilitación, el fondo de pensiones paga del día 181 al 540. Luego, cuando corresponde, se evalúa la calificación de pérdida de capacidad laboral.

Fuentes

• Código Sustantivo del Trabajo, art. 227 (auxilio monetario por enfermedad).
• Ley 100 de 1993, art. 41, modificado por el Decreto-Ley 019 de 2012, art. 142.
• Decreto 780 de 2016, art. 3.2.1.10; Decreto 1333 de 2018; Ley 1753 de 2015, art. 67.
• Ley 776 de 2002, art. 3 (prestaciones económicas del Sistema de Riesgos Laborales).
• Ley 361 de 1997, art. 26 (estabilidad laboral reforzada).
• Corte Constitucional, sentencia C-543 de 2007.
• Ministerio de Salud y Protección Social, Concepto 1690071 de 2023: https://normograma.supersalud.gov.co/compilacion/docs/concepto_minsaludps_1690071_2023.htm
• Ministerio del Trabajo, Concepto 6212 de 2024: https://ambitojuridico.com/sites/default/files/2024-04/Cpto-6212-24.pdf

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Este artículo es informativo y no reemplaza la valoración médica ni la asesoría legal sobre tu caso. Las normas pueden cambiar: revisa la fecha de actualización.